公司变更机构的选择应考虑多个因素，如成本、效率和服务质量等。

首先了解公司的需求和目标是很重要的步骤之一；

其次评估各机构的费用和服务范围也是关键的一步。同时考虑到是否有相关的资质的证书和资格认证也很重要，因为这些是确保服务质量和满足业务需求的必要条件。

需要关注的是一些细节问题比如合同条款的约定是否清晰明确以及售后服务的质量如何等等都是需要考虑的因素总之要综合考虑以上各种情况来做出较佳决策。

请注意具体选择的依据可能还需要根据您的具体情况而定。